In der überwiegenden Zahl der Fälle verhindert eine normale, systematisch durchgeführte Diagnostik, daß endodontisch bedingte, marginale Parodontaldefekte mit plaqueinduzierten Zahnfleischtaschen verwechselt werden. Allerdings kann die Erhebung bzw. die Eindeutigkeit der notwendigen klinischen Befunde - und hier nimmt der Sensibilitätstest eine Schlüsselrolle ein - durch die Zahnanatomie, durch pathologische Veränderungen wie auch durch therapeutische Maßnahmen (Überkronung von Zähnen) Einschränkungen erfahren. In diesen kritischen diagnostischen Situationen können die Anamnese, die Bewertung sonstiger klinischer Befunde und zusätzliche Tests wie die Dunkelfeldmikroskopie wertvolle Hinweise geben. In Zweifelsfällen sollte man der Wurzelkanalbehandlung das Primat vor der chirurgischen Parodontalbehandlung einräumen mit der Aussicht auf vollständige oder teilweise Heilung des parodontalen Defekts im Sinne einer Diagnosis ex iuvantibus. Endodontische Komplikationen wie Wurzellängsfrakturen und Perforationen können ebenfalls zu einer lokalisierten Aufhebung des dentogingivalen Verschlusses führen. Oft sichert erst die explorative Aufklappung die Verdachtsdiagnose. Nach peripher durchbrechende interne Resorptionen können ebenfalls Zahnfleischtaschen simulieren. Die primär parodontalen Probleme bei Wurzelanomalien können eine zusätzliche endodontale Komponente erfahren.