Manche Autoren sehen Dysgnathien als Ursache für das Auftreten von kraniomandibulären Funktionsstörungen (KF) bzw. machen kieferorthopädische Maßnahmen dafür verantwortlich. Nach dem momentanen Stand der wissenschaftlichen Erkenntnis gibt es für eine derartige Kausalität jedoch keine kompetenten Hinweise. Aufgrund der Prävalenz von KF muß der Kieferorthopäde jedoch oftmals nicht nur Dysgnathien behandeln, sondern ist zusätzlich mit Funktionsstörungen konfrontiert. Diese müssen in Diagnostik und Therapie mit berücksichtigt werden. Beim Jugendlichen steht neben der kieferorthopädischen Befunderhebung die "manuelle Funktionsanalyse" eindeutig im Vordergrund. Außerdem wird prätherapeutisch die Anfertigung eines Magnetresonanztomogramms empfohlen. Instrumentelle Maßnahmen sind nur ausnahmsweise erforderlich. Im Gegensatz dazu gehen der kieferorthopädischen Behandlung im Erwachsenenalter neben der klinischen Funktionsdiagnostik instrumentelle Maßnahmen voraus. Diese beinhalten eine Schienenvorbehandlung zur Erfassung der therapeutischen Unterkieferposition sowie eine instrumentelle Okklusionsanalyse. Auch hier hat die Magnetresonanztomographie einen hohen Stellenwert.